洞内各类次生化学沉积形态(Speleothems,即钟乳石类，芙蓉洞中有碳酸盐岩和硫酸盐岩两类化学类型)琳琅满目，丰富多彩，几乎包括钟乳石所有沉积类型，达70多种。如：石钟乳、石笋、石柱、石幕(小的为石幔)、石瀑布、石旗、石带、石盾、石葡萄、珊瑚晶花等。其矿物组成主要是方解石和石膏，也有文石、水菱镁石。其中大多数种类存在数量之众多，形态(有针状、丝发状、丝缕状、发簪状等)之完美，质地分布之广泛，在国内目前的发现中，多属绝无仅有，而某些类型，更为国内罕见，世界稀有。

    70多种次生化学沉积物所构成的丰富景观，辉煌壮丽，玲珑剔透，华丽奇巧，令人目不暇接。中国洞穴研究会会长朱学稳教授评价说：“芙蓉洞是一座斑斓辉煌的地下艺术宫殿。”澳大利亚洞穴协会专家盛赞“芙蓉洞美丽的棕榈状石笋、红珊瑚池和石膏花等都是世界上属于特级的景物”。世界洞穴协会会长安迪称为“世界最好的游览洞穴之一”。在一九九四年芙蓉洞被评为中国100多溶洞之第一，冠之以“溶洞之王”的美名，被公认为地下最美的风景。它不仅有很高的旅游价值、美学价值，而且在地层学、矿物学、地貌学、水文学、地球化学、生物学、第四地质学、古气候学与古环境学、考古学等一系列的科学领域方面极具研究价值。

    芙蓉洞分三大景区，第一景区以色彩斑斓的高调为主，第二、三景区则以重科学和色调还原自然为主线。洞内比比皆是，一步一景的景观中主要解说景点30余处，其中在国内外属特级景点有10余处，尤其是宽15.76米，高21.04米的巨型石瀑布；面积32平方米，水深0.8米，处在生长旺盛期的珊瑚瑶池；长120厘米，周长124厘米的“生命之源”；生长旺盛的石花之王；世界绝无仅有的犬牙晶花石五绝，是世界洞穴景观的稀世珍品。

    经10余年英、美、奥、加、中等20多国科学家长期探险科考，确认芙蓉洞不仅本身是一座大型的旅游与科考价值极高的洞穴，在以其为中心的周围还发育有一个以大量竖井和平洞组成的庞大的洞穴群——芙蓉洞洞穴群，使其与美国的“猛犸洞”，法国的“克拉姆斯洞”并称世界三大洞穴。

    1996年，芙蓉洞开始组织申报世界自然遗产，2004年，被纳入申遗提名地。